Etter å ha forstyrret ro og orden og for å ha stått bak et brutalt overfall på fengselsdirektøren blir Nami Matsushima satt i isolasjon. Når en inspektør kommer til fengselet for å se til at alt foregår etter boka, blir Nami kortvarig sluppet ut av isolasjon, og hun ser sitt snitt til å angripe direktøren på nytt. Fengselsdirektøren beordrer vaktene til å ta hevn, og når den opprørske stemningen er på topp, ser Nami en mulighet til å utnytte dette til sin fordel. Female Prisoner Scorpion: Jailhouse 41 er den andre filmen i rekken av Shun’ya Itôs filmer om fengselsfangen Nami Matsushima.