Etter Spocks ultimate offer vender admiral Kirk og Enterprise tilbake til jorden for å utføre nødvendige reparasjoner på skipet. Når de ankommer, blir de sjokkert over å oppdage at Enterprise skal tas ut av drift. Enda verre, Dr. McCoy begynner å oppføre seg merkelig, og Scotty har blitt omplassert til et annet skip. Kirk blir tvunget til å stjele tilbake Enterprise og reise gjennom verdensrommet til Genesis-planeten for å redde Spock og bringe ham til Vulcan. Men det Kirk ikke vet er at klingonene planlegger å stjele hemmelighetene til Genesis-enheten til sine egne formål.