Når det nylig døpte romskipet Enterprise's testflyvning ender dårlig, fører kaptein Kirk og hans mannskap henne inn for reparasjoner, men et presserende oppdrag kansellerer deres landlov på jorden. Den avhoppede vulcanen Sybok har tatt tre ambassadører som gisler på Nimbus III, den galaktiske planeten for fred. Denne hendelsen tiltrekker seg også oppmerksomheten til en Klingon-kaptein som ønsker å bli berømt og setter ut for å jakte på Enterprise. Syboks sære hær fanger Enterprise og tar henne med på en reise til sentrum av galaksen på jakt etter Det høyeste vesen.