Der er gået et år, siden Leonardo, Michelangelo, Donatello og Rafael besejrede Shredder, men Fodklanen er genopbygget, og skildpaddernes hemmelige hovedkvarter er afsløret. Mens de gemmer sig hos en ven, reporteren April O’Neil, opstår der sære mutationer blandt planterne i byen. Da mutationerne rammer en ulv og en alligatorskildpadde får holdet to nye fjender af deres egen kaliber.