Fru Brisby, en liten jordrotteenke, bor sammen med barna sine på en gård. Da et av barna blir alvorlig sykt, står hun overfor et vanskelig valg. Hun må flytte familien før bondens plog ødelegger hjemmet deres, men på grunn av det syke barnet er dette umulig. For å løse dette søker hun hjelp hos de mystiske rottene som bor i nærheten av gården.