Tommelise er en bitte liten jente som lever i harmoni med naturen i Twillerbees magiske verden. Da en bortskjemt jente plukker blomstene Tommelise og vennene bor på, havner de i en luksusleilighet midt i byen. Der får de høre om byggeplanene som truer med å ødelegge deres verden! Ved hjelp av naturens magiske krefter må Tommelise nå bevise at selv en liten person kan gjøre en stor forskjell.