Triadelederen Sam (Eric Tsang) har gjennom sin unge medhjelper Ming (Andy Lau) infiltrert politistyrken i Hongkong i ti år for å vite når de planlegger å slå til. I mellomtiden har Yan (Tony Leung), en av politiets beste menn, jobbet under dekke for å infiltrere triadeimperiet. Under et mislykket narkotikabeslag innser de begge at de har en dobbeltagent i egne rekker... Internal Affairs er den hardkokte action-thrilleren som ligger til grunn for Martin Scorseses The Departed.