En mystisk mann våkner opp i ørkenen, i en verden av korrupsjon og gjerrighet. Av ytre er mannen slående lik Jesus, og han begir seg mot byen for å finne en måte å tjene til livets opphold på og, fremfor alt, for å finne gull. Ferden hans leder ham opp i et tårn, der han møter en alkymist som påstår at han har det mannen leter etter. Sammen med syv umake følgesvenner reiser de mot det hellige fjellet der alkymisten lover at det finnes et høyere nivå av tilværelsen. The Holy Mountain er Jodorowskys magnum opus, en surrealistisk fremstilling av esoterisme, mystisisme og religiøse symboler.