På middelalderens Island tvinges søstrene Margit (Björk) og Katla (Bryndis Petra Bragadóttir) på flukt etter at moren henrettes grunnet anklager om heksekraft. I jakten på trygghet og et nytt hjem benytter til og med Katla seg av sine magiske krefter for å finne en ny familie. The Juniper Tree var verdensstjernen Björks langfilmdebut og ble unisont hyllet av kritikerne.