Frankrike, 1942. I en liten landsby i Pyreneene oppdager den unge gjeteren Jo flere jødiske barn gjemt på en gård som drives av en enke og hennes svigersønn Benjamin. Sistnevnte har mistet kontakten med datteren Anya, og håper å finne henne en dag. Mens han venter, hjelper han de unge jødiske barna de beskytter med å flykte til Spania. Men plutselig forstyrres oppdraget deres av tyskerne, når de en dag ruller inn i landsbyen... Flukten fra Pyreneene er et storstilt drama basert på en roman av Michael Morpurgo, som også skrev den Steven Spielberg-regisserte War Horse. På rollelisten finner vi prominente navn som Oscar-vinneren Anjelica Huston, den franske actionstjernen Jean Reno, og Thomas Kretschmann fra Flukten fra Østtyskland i rollen som tysk korporal. I tillegg sees stjerneskuddet Noah Schnapp (Stranger Things) i rollen som den unge gjeteren Jo, og Frederick Schmidt fra Mission Impossible spiller jøden Benjamin.